Nhà thờ Hội An tọa lạc tại thành phố Hội An, tỉnh Quảng Nam thuộc Giáo phận Đà Nẵng. Ngôi nhà thờ hiện tại được xây dựng vào năm 1965, nhưng lịch sử của nó còn kéo dài trước đó nữa vì đây là nhà thờ của giáo xứ được coi là lâu đời nhất Việt Nam.

Năm 1615, ba tu sĩ Dòng Tên là linh mục Francesco Buzomi (người Ý), linh mục Diego Carvalho (Bồ Đào Nha) và tu huynh Antonio Dias (Bồ Đào Nha), cùng hai người Nhật Bản là Jose và Paulo đến Tourain (Đà Nẵng) rồi vào Faifo (Hội An) để truyền giáo cũng như chăm sóc mục vụ cho một cộng đoàn tín hữu Nhật tại đây. Ở Hội An, việc giảng đạo không thuận lợi vì đa phần người Hội An lúc này là người nước ngoài, làm ăn, buôn bán không quan tâm mấy đến việc giảng đạo, vì vậy các nhà truyền giáo đã đến Thanh Chiêm (cách Hội An 10 km) để truyền đạo cho người địa phương. Đến tháng 4 năm 1615 đã có 10 giáo dân ở đây được rửa tội và đến năm sau, con số này đã lên tới hơn 300 người. Khi thấy công việc ở đây trôi chảy, các giáo sĩ truyền giáo đã quyết định ở lại đây để phát triển công việc truyền giáo.

Ngày 18 tháng 1 năm 1616 giáo sĩ người Ý Francisco Busomi thành lập giáo xứ Hội An và xây dựng nhà thờ ở Hội An.

Năm 1914, một số giáo dân đã sửa và xây dựng lại nhà thờ mới bằng tranh, gỗ. Năm 1935, nhà thờ được thay thế bằng ngôi nhà thờ kiên cố theo kiểu kiến trúc Gothic. Năm 1965, ngôi nhà thờ này bị gỡ bỏ và thay vào đó là ngôi nhà thờ mới với kiểu dáng như hiện nay.